２年制・１年制で就職の有利・不利は特にありませんが、２年制の方が職種の幅が広いです。単なる製造だけでなく、新商品の開発などの仕事もあります。また製菓衛生師の資格取得となると学科の勉強もしないといけませんから１年でカリキュラムを組むのが難しくなります。
　ほかに選択授業の幅も広がりますし、海外研修が必修になったりするメリットが考えられます。カリキュラムについては各学校にお問い合わせの上、ご確認ください。
　学歴上も「専門士」が取れます。１年制の方は基礎的な勉強をして早く技術をつけ就職を目指す人が多いため、２年制に比べ、新規の高卒生の人数が少ないと思います。